黑土保护与耕作栽培研究所前身是建院之初成立的作物栽培研究室。现有科研人员6人，其中硕士3人；副研究员2人。主要从事黑土质量长期监测、坡耕地固土保水技术、黑土地力提升技术和障碍性土壤改良技术以及马铃薯、玉米等作物绿色轻简化栽培技术、新品种良种良法配套栽培技术等项研究。先后承担各级课题60余项，获得各类奖励20余项；发表论文100余篇，获得专利等5项，制订地方标准1项。